Claude Code
Copy command
git clone https://github.com/Rimagination/leaf-measure.gitInstall
- 1克隆仓库
- 2运行 bootstrap.ps1 安装依赖和 Fiji
- 3按仓库文档配置环境
- 4告诉 agent「测量这些叶片图像」
Metadata
需要 Python 3.11+ 和 Fiji（ImageJ）。当前主要支持 Windows。
Earth Science
LE
Leaf Measure
Rimagination · May 24, 2026
叶片形态测量 skill，基于 FAMeLeS 方法的 Fiji/ImageJ 自动化叶片分析，测量面积、周长、长宽、圆度、充实度。
Leaf Measure 是一个基于 FAMeLeS 方法的叶片形态测量 skill。它使用 Fiji/ImageJ 自动分析叶片图像，测量面积、周长、长度、宽度、圆度（circularity）和充实度（solidity）。支持整图分析和单叶缩略图两种模式。.
Use cases
Use cases
- 从叶片照片自动测量形态性状.
- 批量处理大量叶片样本.
- 生成叶片性状的结构化 CSV 报告.
- 自动检测并修复二值化掩码中的边缘伪影.
Not for
Not for
- 不适合根系测量（用 root-measure）.
- 不适合需要 3D 形态分析的场景.
Install
Install
Install
Install
Key Notes
Key Notes
- Leaf Measure 是一个叶片形态测量 skill，基于已发表的 FAMeLeS（Fiji-based Automated Measurement of Leaf Shape）方法。它把 Fiji/ImageJ 的叶片分析流程包装成 agent 可调用的工具。.
SKILL.md
SKILL.md
SKILL.md
SKILL.md
这是什么
Leaf Measure 是一个叶片形态测量 skill，基于已发表的 FAMeLeS（Fiji-based Automated Measurement of Leaf Shape）方法。它把 Fiji/ImageJ 的叶片分析流程包装成 agent 可调用的工具。
测量的性状
| 性状 | 说明 | 单位 |
|---|---|---|
| 面积（Area） | 叶片面积 | 像素（可按 DPI 转换） |
| 周长（Perimeter） | 叶片周长 | 像素 |
| 长度（Length） | 叶片最大长度 | 像素 |
| 宽度（Width） | 叶片最大宽度 | 像素 |
| 圆度（Circularity） | 4π×面积/周长² | 0-1 |
| 充实度（Solidity） | 面积/凸包面积 | 0-1 |
两种分析模式
- 整图模式（Full image）：分析整张图像中的所有叶片，输出整图二值化和轮廓图
- 缩略图模式（Thumbnails）：额外导出每片叶片的独立裁剪图像
自动修复
Leaf Measure 能自动检测二值化掩码中的边缘连接伪影（edge-connected artifacts），并在重新测量前自动修正。
输出文件
每次分析生成：
results.csv— 性状数据表manifest.json— 运行记录run_summary.md— 运行摘要method_summary.md— 方法摘要trait_explanations.md— 性状说明- 二值化掩码和轮廓图像
为什么值得用
叶片形态是植物学、生态学、农学的基础测量指标。传统方法用 ImageJ 手动测量，一个样本就要几分钟。Leaf Measure 把整个流程自动化，支持批量处理，输出的 CSV 可以直接用于统计分析。基于已发表的 FAMeLeS 方法，结果可追溯、可复现。