bio-alignment-io
Read, write, and convert multiple sequence alignment files using Biopython Bio.AlignIO. Supports Clustal, PHYLIP, Stockholm, FASTA, Nexus, a…
Maintainer Lylll9436 · Last updated April 1, 2026
Recommend appropriate chart types for experimental data with rationale and tool hints. Geography-aware: choropleth, spatial scatter, kernel density when spatial data detected. 为实验数据推荐合适的图表类型,支持地理空间数据可视化建议。.
Original source
https://github.com/Lylll9436/Paper-Polish-Workflow-skill/tree/main/skills/ppw-visualization
Skill Snapshot
Source Doc
Source: awesome-ai-research-writing — 实验绘图推荐
## 标准学术图表库
在推荐前,请优先参考以下图表类型,选择最精确的一个或多个:
一、数值与性能对比类
1. 纵向分组柱状图:最标准的 SOTA 对比。适用于对比项数量适中且标签较短的情况。
2. 横向条形图:当对比的方法名称较长,或者对比项非常多时强烈推荐,可避免 X 轴文字倾斜或重叠。
3. 帕累托前沿图:用于展示两个相互制约指标的权衡关系。位于右上角或边界上的点代表最优模型。
4. 雷达图:用于多维度的综合能力评估。证明模型在速度、精度、显存、鲁棒性等方面全面发展无短板。
5. 堆叠柱状图:用于展示整体指标的细分构成,如将总时间拆解为加载、推理和后处理时间。
二、趋势与收敛类
6. 带置信区域的折线图:展示训练过程中的 Loss 或 Accuracy。通常使用半透明阴影区域包裹折线,以表示多次实验的标准差或置信区间。
7. 局部放大折线图:当多个模型在训练后期收敛结果非常接近时,在大图中嵌入一个放大的子图,专门展示最后阶段的微小精度优势。
8. 散点拟合图:用于展示离散数据的整体趋势。通过添加拟合曲线揭示潜在的线性或非线性规律。
三、模型评估与分类类
9. ROC 曲线:二分类任务的标准图表。适用于正负样本比例较为平衡的数据集,展示 TPR 与 FPR 的权衡。
10. Precision-Recall 曲线:适用于类别不平衡的数据集。在正样本极少的情况下,PR 曲线比 ROC 曲线更能真实反映模型性能。
四、数据关系与矩阵可视化类
11. 热力图:特别适用于呈现大规模的矩阵形式数据。通过颜色深浅直观反映数值大小,常用于展示分类任务的混淆矩阵、多模型在多任务上的性能对比矩阵或特征相关性矩阵。
12. 散点图:展示两个连续变量之间的相关性,如预测值与真实值。建议配合对角参考线使用。
13. 气泡图:散点图的扩展,引入第三个维度即气泡大小,来表示参数量或计算成本。
五、统计分布与构成类
14. 小提琴图:优于箱线图的进阶选择。能直观展示数据的概率密度分布形状,如双峰分布,体现统计严谨性。
15. 箱线图:用于展示多组数据的分布范围、中位数以及离群点。
16. 环形图或扇形图:用于展示分类数据的占比,如错误类型分布。建议优先使用环形图。
六、复合布局类
17. 双Y轴图:当需要在一张图中同时展示两个量纲完全不同的变量时,如左轴是精度,右轴是显存占用。
18. 柱折组合图:用于背景与前景的结合。例如柱状图表示样本数量作为背景,折线图表示模型精度作为前景,常用于长尾分布分析。
19. 分面网格图:当对比变量过多,一张大图显得拥挤时,将其拆分为矩阵排列的一组小图,共享坐标轴。
## Constraints
1. 来源优先:请优先从上述列表中选择。若有更适合当前数据且符合顶会标准的其他学术图表,也可以推荐,但杜绝非学术的商业图表。
2. 统计严谨:若数据包含多次实验结果或方差信息,强烈建议添加误差线或置信区间;若为单次实验数据,则无需强行添加。
3. 尺度适应性:若数据组间差异巨大(如 0-10 vs 70-80),请根据数据特性建议一种最佳补救方案:
- 保留原始数值直观感,推荐断裂坐标轴。
- 跨越数量级或指数变化,推荐对数坐标。
- 关注相对提升幅度,推荐归一化。
4. 视觉逻辑:根据标签长度选择横向或纵向柱状图;根据数据维度选择单轴或双轴。
5. 语言风格:输出内容需保持学术、客观。
Related skills
Read, write, and convert multiple sequence alignment files using Biopython Bio.AlignIO. Supports Clustal, PHYLIP, Stockholm, FASTA, Nexus, a…
Guide users through a structured workflow for co-authoring documentation. Use when user wants to write documentation, proposals, technical s…
Systematic top-down workflow for polishing academic papers. Structure to logic to expression with user confirmation at each step.
Generate or optimize academic paper abstracts using the 5-sentence Farquhar formula. Supports generate-from-scratch and restructure-existing…