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BI
bio-alignment-files-bam-statistics
维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日
bio-alignment-files-bam-statistics：Compute alignment statistics：flagstat，idxstats，coverage depth。
原始来源
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills
https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-alignment-files-bam-statistics
- 维护者
- FreedomIntelligence
- 许可
- MIT
- 最近更新
- 2026年4月1日
技能摘要
来自 SKILL.md 的关键信息
核心说明
- 生成 alignment statistics ，使用 samtools 、 pysam。
- samtools idxstats input.bam | awk '{sum += $3} END {print sum}。
原始文档
SKILL.md 摘录
Quick Summary Commands
| Command | Output | Speed |
|---|---|---|
flagstat | Read counts by category | Very fast |
idxstats | Per-chromosome counts | Very fast (needs index) |
stats | Comprehensive statistics | Moderate |
depth | Per-position depth | Slow (full scan) |
coverage | Per-region coverage | Fast (needs index) |
samtools flagstat
Fast summary of alignment flags.
Output:
samtools idxstats
Per-chromosome read counts (requires index).
Output format: chrom length mapped unmapped
适用场景
- Use bio-alignment-files-bam-statistics ，用于 统计检验 、 quantitative analysis。
- Apply bio-alignment-files-bam-statistics to research 数据集s that require rigorous inference。
不适用场景
- Do not rely on this catalog entry alone ，用于 installation 或 maintenance details。
上游相关技能
- sam-bam-basics - View alignment files
- alignment-indexing - idxstats requires index
- duplicate-handling - Check duplicate rates
- alignment-filtering - Filter before stats
- sequence-io/sequence-statistics - FASTA/FASTQ statistics
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