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bio-alignment-indexing

维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日

Index BAM/CRAM files with samtools index for random access.

OpenClawNanoClaw分析处理复现实验bio-alignment-indexing🧠 bioos extended suitebioos extended bioinformatics suiteindex

原始来源

FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills

https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-alignment-indexing

维护者
FreedomIntelligence
许可
MIT
最近更新
2026年4月1日

技能摘要

来自 SKILL.md 的关键信息

2 min

核心说明

  • 创建 indices ，用于 random access to alignment files ，使用 samtools 、 pysam。
  • samtools view -H input.bam | grep "^@HD。

原始文档

SKILL.md 摘录

Index Types

IndexExtensionUse Case
BAI.baiStandard BAM index, chromosomes < 512 Mbp
CSI.csiLarge chromosomes, custom bin sizes
CRAI.craiCRAM index

Create BAI Index

samtools index input.bam

## Create CSI Index

```bash
samtools index -c input.bam

适用场景

  • Use bio-alignment-indexing ，用于 genomics 、 bioinformatics workflows。
  • Apply bio-alignment-indexing to sequencing，variant，或 omics analysis tasks。

不适用场景

  • Do not rely on this catalog entry alone ，用于 installation 或 maintenance details。

上游相关技能

  • sam-bam-basics - View and convert alignment files
  • alignment-sorting - Sort BAM files (required before indexing)
  • alignment-filtering - Filter by regions using index
  • bam-statistics - Use idxstats for quick counts
  • sequence-io/read-sequences - Index FASTA with SeqIO.index_db()

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