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bio-atac-seq-nucleosome-positioning

维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日

Extract nucleosome positions from ATAC-seq data using NucleoATAC, ATACseqQC, and fragment analysis. Use when analyzing chromatin organization, identifying nucleosome-free regions at promoters, or characterizing nucleosome occupancy patterns from ATAC-seq fragment size distributions.

OpenClawNanoClaw分析处理复现实验bio-atac-seq-nucleosome-positioning🧬 bioinformatics (gptomics bio-* suite)bioinformatics — epigenomics & chromatinextract

原始来源

FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills

https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-atac-seq-nucleosome-positioning

维护者: FreedomIntelligence
许可: MIT
最近更新: 2026年4月1日

技能摘要

来自 SKILL.md 的关键信息

2 min

核心说明

CLI：nucleoatac run --bed peaks.bed --bam atac.bam --fasta ref.fa。
R：ATACseqQC：：splitGAlignmentsByCut() ，用于 fragment separation。
映射 nucleosome positions ，面向 ATAC-seq" → Separate nucleosome-free 、 mono-nucleosome fragments by size，then call nucleosome center positions 、 occupancy scores. CLI：nucleoatac run --bed peaks.bed --bam atac.bam --fasta ref.fa R：ATACseqQC：：splitGAlignmentsByCut() ，用于 fragment separation。
提取 nucleosome positions 、 occupancy ，面向 ATAC-seq fragment size patterns。
< 100 bp：Nucleosome-free regions (NFR)。

原始文档

SKILL.md 摘录

Fragment Size Distribution

library(ATACseqQC)
library(Rsamtools)

## Fragment size distribution

fragSize <- fragSizeDist(bamfile, 'sample')

## Get TSS regions

txs <- transcripts(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene)
tss <- promoters(txs, upstream=1000, downstream=1000)

适用场景

适合在analyzing chromatin organization，identifying nucleosome-free regions at promoters，或 characterizing nucleosome occupancy patterns ，面向 ATAC-seq fragment size distributions时使用。