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bio-blast-searches

维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日

bio-blast-searches：运行 BLAST searches against local 或 remote databases ，用于 sequence homology。

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原始来源

FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills

https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-blast-searches

维护者: FreedomIntelligence
许可: MIT
最近更新: 2026年4月1日

技能摘要

来自 SKILL.md 的关键信息

2 min

核心说明

运行 BLAST searches against NCBI databases ，使用 Biopython's Bio.Blast module。
result_handle = NCBIWWW.qblast('blastn'，'nt'，sequence)。

原始文档

SKILL.md 摘录

BLAST Programs

Program	Query	Database	Use Case
`blastn`	Nucleotide	Nucleotide	DNA/RNA sequence similarity
`blastp`	Protein	Protein	Protein sequence similarity
`blastx`	Nucleotide	Protein	Find protein hits for DNA query
`tblastn`	Protein	Nucleotide	Find DNA encoding protein-like
`tblastx`	Nucleotide	Nucleotide	Translated vs translated

NCBIWWW.qblast()

Submit a BLAST query to NCBI servers.

from Bio.Blast import NCBIWWW

## Common Databases

**Nucleotide:**
| Database | Description |
|----------|-------------|
| `nt` | All GenBank + EMBL + DDBJ |
| `refseq_rna` | RefSeq RNA sequences |
| `refseq_genomic` | RefSeq genomic sequences |

**Protein:**
| Database | Description |
|----------|-------------|
| `nr` | Non-redundant protein |
| `refseq_protein` | RefSeq proteins |
| `swissprot` | SwissProt (curated) |
| `pdb` | Protein structures |