bio-clinical-databases-polygenic-risk

核心说明

• CLI：PRSice_linux --base gwas.txt --target genotypes --out prs_results。
• R：bigsnpr：：snp_ldpred2_auto() ，用于 LDpred2 Bayesian PRS。
• Calculate polygenic risk scores ，用于 my cohort" → Compute genome-wide risk scores ，面向 GWAS summary statistics 、 individual genotypes to predict disease susceptibility. CLI：PRSice_linux --base gwas.txt --target genotypes --out prs_results R：bigsnpr：：snp_ldpred2_auto() ，用于 LDpred2 Bayesian PRS。
• PRSice_linux \ --base gwas_summary.txt \ --target genotypes \ --snp SNP \ --chr CHR \ --bp BP \ --A1 A1 \ --A2 A2 \ --pvalue P \ --beta BETA \ --clump-kb 250 \ --clump-r2 0.1 \ --bar-levels 5e-8，1e-5，1e-3，0.01，0.05，0.1，0.5，1 \ --fastscore \ --all-score \ --out prs_results。