数据与复现生物信息与基因组学FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills数据与复现

bio-clip-seq-clip-peak-calling

维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日

Call RBP binding peaks from CLIP-seq with PureCLIP or MACS2.

OpenClawNanoClaw分析处理复现实验bio-clip-seq-clip-peak-calling🧠 bioos extended suitebioos extended bioinformatics suitecall

原始来源

FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills

https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-clip-seq-clip-peak-calling

维护者: FreedomIntelligence
许可: MIT
最近更新: 2026年4月1日

技能摘要

来自 SKILL.md 的关键信息

2 min

核心说明

clipper \ -b deduped.bam \ -s hg38 \ -o peaks.bed \ --save-pickle。
clipper \ -b deduped.bam \ -s hg38 \ -o peaks.bed \ --FDR 0.05 \ --superlocal。

原始文档

SKILL.md 摘录

Specify gene annotations

clipper
-b deduped.bam
-s hg38
--gene genes.bed
-o peaks.bed


## CLIPper Options

| Option | Description |
|--------|-------------|
| -b | Input BAM file |
| -s | Species (hg38, mm10) |
| -o | Output BED file |
| --FDR | FDR threshold (default 0.05) |
| --superlocal | Use superlocal background |
| --gene | Custom gene annotation BED |
| --save-pickle | Save intermediate data |

## PureCLIP (HMM-Based)

PureCLIP uses an HMM to model crosslink sites, incorporating enrichment and truncation signals.

```bash

适用场景

Use bio-clip-seq-clip-peak-calling ，用于 genomics 、 bioinformatics workflows。
Apply bio-clip-seq-clip-peak-calling to sequencing，variant，或 omics analysis tasks。