数据与复现生物信息与基因组学FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills数据与复现

bio-clip-seq-clip-preprocessing

维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日

Preprocess CLIP-seq/eCLIP data: adapter trimming, demultiplexing.

OpenClawNanoClaw分析处理复现实验bio-clip-seq-clip-preprocessing🧠 bioos extended suitebioos extended bioinformatics suitepreprocess

原始来源

FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills

https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-clip-seq-clip-preprocessing

维护者: FreedomIntelligence
许可: MIT
最近更新: 2026年4月1日

技能摘要

来自 SKILL.md 的关键信息

2 min

核心说明

umi_tools extract \ --stdin=reads_R1.fastq.gz \ --read2-in=reads_R2.fastq.gz \ --bc-pattern=NNNNNNNNNN \ --stdout=R1_umi.fastq.gz \ --read2-out=R2_umi.fastq.gz。
cutadapt \ - AGATCGGAAGAGCACACGTCT \ - AGATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGT \ -m 18 \ -o trimmed_R1.fastq.gz \ -p trimmed_R2.fastq.gz \ R1_umi.fastq.gz R2_umi.fastq.gz。

原始文档

SKILL.md 摘录

First pass: trim 3' adapter

cutadapt -a AGATCGGAAGAGC -m 18 -o pass1.fq.gz input.fq.gz

Second pass: trim 5' adapter (read-through)

cutadapt -g AGATCGGAAGAGC -m 18 -o pass2.fq.gz pass1.fq.gz


## After alignment, deduplicate using UMIs

umi_tools dedup \
    --stdin=aligned.bam \
    --stdout=deduped.bam \
    --paired \
    --method=unique

适用场景

Use bio-clip-seq-clip-preprocessing ，用于 genomics 、 bioinformatics workflows。
Apply bio-clip-seq-clip-preprocessing to sequencing，variant，或 omics analysis tasks。