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bio-copy-number-cnv-visualization

维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日

bio-copy-number-cnv-visualization：可视化 copy number profiles，segments，、 compare across samples。 创建 publication-quality plots of CNV data ，面向 CNVkit，GATK，或 other callers。 适合在creating genome-wide CNV plots，sample heatmaps，或 chromosome-level visualizations时使用。

OpenClawNanoClaw分析处理写作整理bio-copy-number-cnv-visualization🧬 bioinformatics (gptomics bio-* suite)bioinformatics — clinical databases & variant analysisvisualize

原始来源

FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills

https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-copy-number-cnv-visualization

维护者
FreedomIntelligence
许可
MIT
最近更新
2026年4月1日

技能摘要

来自 SKILL.md 的关键信息

2 min

核心说明

  • CLI：cnvkit.py scatter，cnvkit.py diagram，cnvkit.py heatmap。
  • Python：matplotlib ，用于 custom CNV plots。
  • R：ggplot2 ，用于 publication figures。
  • Plot my copy number profile" → Create genome-wide scatter plots，分割 views，、 multi-sample heatmaps ，面向 CNV caller output. CLI：cnvkit.py scatter，cnvkit.py diagram，cnvkit.py heatmap Python：matplotlib ，用于 custom CNV plots R：ggplot2 ，用于 publication figures。
  • cnvkit.py scatter sample.cnr -s sample.cns -o scatter.png。

原始文档

SKILL.md 摘录

CNVkit Built-in Plots

Goal: Generate standard CNV visualizations directly from CNVkit output files.

Approach: Use CNVkit scatter, diagram, and heatmap commands for quick visual inspection.


## Scatter for specific chromosome

cnvkit.py scatter sample.cnr -s sample.cns -c chr17 -o chr17_scatter.png

## Ideogram diagram

cnvkit.py diagram sample.cnr -s sample.cns -o diagram.pdf

适用场景

  • 适合在creating genome-wide CNV plots，sample heatmaps，或 chromosome-level visualizations时使用。

不适用场景

  • Do not rely on this catalog entry alone ，用于 installation 或 maintenance details。

上游相关技能

  • copy-number/cnvkit-analysis - Generate CNV calls
  • copy-number/gatk-cnv - GATK CNV workflow
  • copy-number/cnv-annotation - Add gene annotations

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