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BI
bio-crispr-screens-crispresso-editing
维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日
bio-crispr-screens-crispresso-editing：CRISPResso2 ，用于 analyzing CRISPR gene editing outcomes。 Quantifies indels，HDR efficiency，、 generates comprehensive editing reports。 适合在analyzing amplicon sequencing data ，面向 CRISPR editing experiments to assess editing efficiency时使用。
原始来源
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills
https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-crispr-screens-crispresso-editing
- 维护者
- FreedomIntelligence
- 许可
- MIT
- 最近更新
- 2026年4月1日
技能摘要
来自 SKILL.md 的关键信息
核心说明
- CLI：CRISPResso --fastq_r1 reads.fq --amplicon_seq ATGC --guide_seq GUIDE。
- Quantify CRISPR editing ，面向 my amplicon data" → Analyze amplicon sequencing to measure indel frequencies，HDR efficiency，、 frameshift rates ，面向 CRISPR gene editing experiments. CLI：CRISPResso --fastq_r1 reads.fq --amplicon_seq ATGC --guide_seq GUIDE。
- CRISPResso \ --fastq_r1 sample_R1.fastq.gz \ --fastq_r2 sample_R2.fastq.gz \ --amplicon_seq AATGTCCCCCAATGGGAAGTTCATCTGGCACTGCCCACAGGTGAGGAGGTCATGATCCCCTTCTGGAGCTCCCAACGGGCCGTGGTCTGGTTCATCATCTGTAAGAATGGCTTCAAGAGGCTCGGCTGTGGTT \ --guide_seq CTGCCCACAGGTGAGGAGGT \ --output_folder crispresso_output \ --name sample1。
原始文档
SKILL.md 摘录
Basic Analysis
Goal: Quantify CRISPR editing outcomes from amplicon sequencing of a single target site.
Approach: Align amplicon reads against the reference and guide sequences with CRISPResso, which reports indel frequencies, allele tables, and editing efficiency plots.
## Analyze HDR editing
CRISPResso \
--fastq_r1 hdr_sample_R1.fastq.gz \
--fastq_r2 hdr_sample_R2.fastq.gz \
--amplicon_seq AATGTCCCCCAATGGGAAGTTCATCTGGCACTGCCCACAGGTGAGGAGGTCATGATCCCCTTCTGGAGCTCCCAACGGGCCGTGGTCTGGTTCATCATCTGTAAGAATGGCTTCAAGAGGCTCGGCTGTGGTT \
--guide_seq CTGCCCACAGGTGAGGAGGT \
--expected_hdr_amplicon_seq AATGTCCCCCAATGGGAAGTTCATCTGGCACTGCCCACAGGTGAGGAGGTCATGATCCCCTTCTGGAGCTCCCAACGGGCCGTGGTCTGGTTCATCATCTGTAAGAATGGCTTCAAGATGCTCGGCTGTGGTT \
--output_folder hdr_output \
--name hdr_sample
Batch Analysis
Goal: Process multiple CRISPR editing samples in a single run.
Approach: Define a batch file listing sample names, FASTQ paths, amplicon sequences, and guide sequences, then run CRISPRessoBatch for parallel multi-sample analysis.
适用场景
- 适合在analyzing amplicon sequencing data ，面向 CRISPR editing experiments to assess editing efficiency时使用。
不适用场景
- Do not rely on this catalog entry alone ，用于 installation 或 maintenance details。
上游相关技能
- screen-qc - QC for editing experiments
- read-alignment/bwa-alignment - Align reads for WGS analysis
- variant-calling/variant-calling - Detect editing-induced variants
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