数据与复现生物信息与基因组学FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills数据与复现

bio-data-visualization-genome-browser-tracks

维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日

Generate genome browser tracks and IGV sessions from BAM/BigWig.

OpenClawNanoClaw分析处理复现实验bio-data-visualization-genome-browser-tracks🧠 bioos extended suitebioos extended bioinformatics suitegenerate

原始来源

FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills

https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-data-visualization-genome-browser-tracks

维护者: FreedomIntelligence
许可: MIT
最近更新: 2026年4月1日

技能摘要

来自 SKILL.md 的关键信息

2 min

核心说明

pyGenomeTracks --tracks tracks.ini --region chr1：1000000-2000000 \ --outFileName region.png --dpi 300。
用于 region in chr1：1000000-2000000 chr2：5000000-6000000；do pyGenomeTracks --tracks tracks.ini --region $region \ --outFileName "${region//：/_}.png" --dpi 300 done。

原始文档

SKILL.md 摘录

pyGenomeTracks Python API

import pygenometracks.tracks as pygtk
from pygenometracks import plotTracks

## Programmatic track configuration

tracks = '''
[x-axis]
where = top

[bigwig]
file = coverage.bw
title = ChIP-seq
height = 4
color = #4DBBD5

[bed]
file = peaks.narrowPeak
title = Peaks
height = 1
color = #E64B35
'''

## Write config and plot

with open('tracks.ini', 'w') as f:
    f.write(tracks)

适用场景

Use bio-data-visualization-genome-browser-tracks ，用于 genomics 、 bioinformatics workflows。
Apply bio-data-visualization-genome-browser-tracks to sequencing，variant，或 omics analysis tasks。