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bio-data-visualization-genome-tracks

维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日

bio-data-visualization-genome-tracks：Multi-panel genome track plots ，支持 pyGenomeTracks。

OpenClawNanoClaw分析处理写作整理bio-data-visualization-genome-tracks🧠 bioos extended suitebioos extended bioinformatics suitemulti

原始来源

FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills

https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-data-visualization-genome-tracks

维护者
FreedomIntelligence
许可
MIT
最近更新
2026年4月1日

技能摘要

来自 SKILL.md 的关键信息

2 min

核心说明

  • cat > tracks.ini << 'EOF' [bigwig] file = coverage.bw title = Coverage height = 4 color = #4DBBD5 min_value = 0。
  • [peaks] file = peaks.bed title = Peaks color = #E64B35 height = 2 labels = false。
  • [genes] file = genes.gtf title = Genes height = 5 fontsize = 10 style = flybase color = #3C5488。
  • pyGenomeTracks --tracks tracks.ini --region chr1：1000000-2000000 \ --outFileName tracks.png --dpi 150。

原始文档

SKILL.md 摘录

Gviz (R)

library(Gviz)
library(GenomicRanges)

## Ideogram

itrack <- IdeogramTrack(genome = 'hg38', chromosome = 'chr1')

## Gene model

library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene)
txdb <- TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene
grtrack <- GeneRegionTrack(txdb, genome = 'hg38', chromosome = 'chr1',
                            name = 'Genes', transcriptAnnotation = 'symbol')

适用场景

  • Use bio-data-visualization-genome-tracks to prepare 论文级图表。
  • Apply bio-data-visualization-genome-tracks when results need clear visual communication。

不适用场景

  • Do not rely on this catalog entry alone ，用于 installation 或 maintenance details。

上游相关技能

  • genome-intervals/bigwig-tracks - BigWig file handling
  • chip-seq/chipseq-visualization - ChIP-specific tracks
  • hi-c-analysis/hic-visualization - Hi-C contact maps

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