SCI Skills

CN Directory
数据与复现科研绘图与可视化FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills数据与复现
BI

bio-data-visualization-heatmaps-clustering

维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日

bio-data-visualization-heatmaps-clustering：Hierarchical 聚类 heatmaps ，支持 ComplexHeatmap 或 seaborn。

OpenClawNanoClaw分析处理写作整理bio-data-visualization-heatmaps-clustering🧠 bioos extended suitebioos extended bioinformatics suitehierarchical

原始来源

FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills

https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-data-visualization-heatmaps-clustering

维护者
FreedomIntelligence
许可
MIT
最近更新
2026年4月1日

技能摘要

来自 SKILL.md 的关键信息

2 min

核心说明

  • pheatmap(mat，scale = 'row'，cluster_rows = TRUE，cluster_cols = TRUE)。
  • annotation_col <- data.frame( Condition = metadata$condition，Batch = metadata$batch，row.names = colnames(mat) )。
  • annotation_row <- data.frame( Pathway = gene_info$pathway，row.names = rownames(mat) )。
  • pheatmap(mat，scale = 'row'，annotation_col = annotation_col，annotation_row = annotation_row，color = colorRampPalette(rev(brewer.pal(9，'RdBu')))(100)，show_rownames = FALSE，fontsize = 8)。

原始文档

SKILL.md 摘录

pheatmap (R) - Quick Heatmaps

library(pheatmap)
library(RColorBrewer)

## Custom annotation colors

ann_colors <- list(
    Condition = c(Control = '#4DBBD5', Treatment = '#E64B35'),
    Batch = c(A = '#00A087', B = '#3C5488', C = '#F39B7F'),
    Pathway = c(Metabolism = '#8491B4', Signaling = '#91D1C2')
)

pheatmap(mat, scale = 'row',
         annotation_col = annotation_col,
         annotation_colors = ann_colors,
         clustering_distance_rows = 'correlation',
         clustering_distance_cols = 'euclidean',
         clustering_method = 'ward.D2',
         cutree_rows = 4,
         cutree_cols = 2,
         gaps_col = c(5, 10),
         border_color = NA,
         main = 'Gene Expression Heatmap')

ComplexHeatmap (R) - Advanced

library(ComplexHeatmap)
library(circlize)

适用场景

  • Use bio-data-visualization-heatmaps-聚类 to prepare 论文级图表。
  • Apply bio-data-visualization-heatmaps-聚类 when results need clear visual communication。

不适用场景

  • Do not rely on this catalog entry alone ，用于 installation 或 maintenance details。

上游相关技能

  • data-visualization/ggplot2-fundamentals - General plotting
  • data-visualization/color-palettes - Color selection
  • differential-expression/de-visualization - Expression heatmaps

相关技能

相关技能

返回目录
BI
数据与复现科研绘图与可视化

bio-chipseq-visualization

bio-chipseq-visualization：可视化 ChIP-seq data ，使用 deepTools，Gviz，、 ChIPseeker。 创建 heatmaps，profile plots，、 genome browser…

OpenClawNanoClaw分析处理
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills查看
BI
数据与复现科研绘图与可视化

bio-consensus-sequences

bio-consensus-sequences：生成 consensus FASTA sequences by applying VCF variants to reference ，使用 bcftools consensus。 适合在cr…

OpenClawNanoClaw分析处理
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills查看
BI
数据与复现科研绘图与可视化

bio-copy-number-cnv-visualization

bio-copy-number-cnv-visualization：可视化 copy number profiles，segments，、 compare across samples。 创建 publication-quality plo…

OpenClawNanoClaw分析处理
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills查看
BI
数据与复现科研绘图与可视化

bio-data-visualization-circos-plots

bio-data-visualization-circos-plots：Circular genome visualization ，支持 Circos 或 pycirclize。

OpenClawNanoClaw分析处理
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills查看