SCI Skills

CN Directory
数据与复现科研绘图与可视化FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills数据与复现
BI

bio-data-visualization-specialized-omics-plots

维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年3月31日

bio-data-visualization-specialized-omics-plots：Specialized plots：lollipop (mutations)，circomap，oncoprint。

OpenClawNanoClaw分析处理写作整理bio-data-visualization-specialized-omics-plots🧠 bioos extended suitebioos extended bioinformatics suitespecialized

原始来源

FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills

https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-data-visualization-specialized-omics-plots

维护者
FreedomIntelligence
许可
MIT
最近更新
2026年3月31日

技能摘要

来自 SKILL.md 的关键信息

2 min

核心说明

  • sc.pl.umap(adata，color='leiden'，palette='tab20'，frameon=False，title=''，legend_loc='on data'，legend_fontsize=8)。
  • Volcano plots (any DE result)。
  • MA plots (any log-fold-change data)。
  • PCA plots (any high-dimensional data)。
  • Enrichment dotplots (manual，not enrichplot)。

原始文档

SKILL.md 摘录

UMAP/tSNE Plot (Python)

import scanpy as sc
import matplotlib.pyplot as plt

def umap_plot(adata, color, ax=None, **kwargs):
    if ax is None:
        fig, ax = plt.subplots(figsize=(8, 6))

    sc.pl.umap(adata, color=color, ax=ax, show=False, **kwargs)
    return ax

适用场景

  • Use bio-data-visualization-specialized-omics-plots to prepare 论文级图表。
  • Apply bio-data-visualization-specialized-omics-plots when results need clear visual communication。

不适用场景

  • Do not rely on this catalog entry alone ，用于 installation 或 maintenance details。

上游相关技能

  • data-visualization/ggplot2-fundamentals - Base plotting
  • data-visualization/color-palettes - Color selection
  • differential-expression/de-visualization - DE-specific plots
  • pathway-analysis/enrichment-visualization - Enrichment plots

相关技能

相关技能

返回目录
BI
数据与复现科研绘图与可视化

bio-chipseq-visualization

bio-chipseq-visualization：可视化 ChIP-seq data ，使用 deepTools，Gviz，、 ChIPseeker。 创建 heatmaps，profile plots，、 genome browser…

OpenClawNanoClaw分析处理
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills查看
BI
数据与复现科研绘图与可视化

bio-consensus-sequences

bio-consensus-sequences：生成 consensus FASTA sequences by applying VCF variants to reference ，使用 bcftools consensus。 适合在cr…

OpenClawNanoClaw分析处理
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills查看
BI
数据与复现科研绘图与可视化

bio-copy-number-cnv-visualization

bio-copy-number-cnv-visualization：可视化 copy number profiles，segments，、 compare across samples。 创建 publication-quality plo…

OpenClawNanoClaw分析处理
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills查看
BI
数据与复现科研绘图与可视化

bio-data-visualization-circos-plots

bio-data-visualization-circos-plots：Circular genome visualization ，支持 Circos 或 pycirclize。

OpenClawNanoClaw分析处理
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills查看