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bio-data-visualization-volcano-customization

维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日

bio-data-visualization-volcano-customization：Customized volcano plots ，支持 ggplot2 或 matplotlib ，用于 DE results。

OpenClawNanoClaw分析处理写作整理bio-data-visualization-volcano-customization🧠 bioos extended suitebioos extended bioinformatics suitecustomized

原始来源

FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills

https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-data-visualization-volcano-customization

维护者: FreedomIntelligence
许可: MIT
最近更新: 2026年4月1日

技能摘要

来自 SKILL.md 的关键信息

2 min

核心说明

df$significance <- case_when( df$padj < 0.05 & df$log2FoldChange > 1 ~ 'Up'，df$padj < 0.05 & df$log2FoldChange < -1 ~ 'Down'，TRUE ~ 'NS' )。
ggplot(df，aes(x = log2FoldChange，y = -log10(pvalue))) + geom_point(aes(color = significance)，alpha = 0.6，size = 1.5) + scale_color_manual(values = c(Up = '#E64B35'，Down = '#4DBBD5'，NS = 'gray70')) + geom_hline(yintercept = -log10(0.05)，linetype = 'dashed'，color = 'gray40') + geom_vline(xintercept = c(-1，1)，linetype = 'dashed'，color = 'gray40') + theme_classic() + labs(x = 'log2 Fold Change'，y = '-log10(p-value)'，color = 'Regulation')。
top_genes <- df %>% filter(padj < 0.05，abs(log2FoldChange) > 1) %>% arrange(pvalue) %>% head(20)。
ggplot(df，aes(x = log2FoldChange，y = -log10(pvalue))) + geom_point(aes(color = significance)，alpha = 0.6，size = 1.5) + scale_color_manual(values = c(Up = '#E64B35'，Down = '#4DBBD5'，NS = 'gray70')) + geom_text_repel( data = top_genes，aes(label = gene)，size = 3，max.overlaps = 20，box.padding = 0.5，segment.color = 'gray50' ) + theme_classic()。

原始文档

SKILL.md 摘录

ggplot2 Basic Volcano

library(ggplot2)
library(ggrepel)

## Label specific genes of interest

genes_of_interest <- c('TP53', 'BRCA1', 'MYC', 'EGFR')
highlight_df <- df %>% filter(gene %in% genes_of_interest)

ggplot(df, aes(x = log2FoldChange, y = -log10(pvalue))) +
    geom_point(aes(color = significance), alpha = 0.4, size = 1.5) +
    geom_point(data = highlight_df, color = 'black', size = 3) +
    geom_text_repel(data = highlight_df, aes(label = gene), fontface = 'bold') +
    theme_classic()

EnhancedVolcano (R)

library(EnhancedVolcano)

适用场景

Use bio-data-visualization-volcano-customization to prepare 论文级图表。
Apply bio-data-visualization-volcano-customization when results need clear visual communication。

不适用场景

Do not rely on this catalog entry alone ，用于 installation 或 maintenance details。

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