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bio-epidemiological-genomics-amr-surveillance
维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日
bio-epidemiological-genomics-amr-surveillance：检测 、 track antimicrobial resistance genes ，使用 AMRFinderPlus 、 ResFinder ，支持 epidemiological context。 Monitor resistance trends 、 identify emerging resistance patterns。 适合在screening genomes ，用于 AMR genes 或 tracking resistance in surveillance programs时使用。
原始来源
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills
https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-epidemiological-genomics-amr-surveillance
- 维护者
- FreedomIntelligence
- 许可
- MIT
- 最近更新
- 2026年4月1日
技能摘要
来自 SKILL.md 的关键信息
核心说明
- CLI：amrfinder -n assembly.fasta --plus --organism Klebsiella。
- Screen my isolates ，用于 resistance genes 、 track AMR trends" → Detect antimicrobial resistance determinants in bacterial genomes 、 monitor resistance patterns over time ，用于 surveillance programs. CLI：amrfinder -n assembly.fasta --plus --organism Klebsiella。
- conda install -c bioconda ncbi-amrfinderplus。
原始文档
SKILL.md 摘录
Basic AMR detection from genome
amrfinder -n genome.fasta -o results.tsv
With protein input (faster, more sensitive)
amrfinder -p proteins.faa -o results.tsv
Specify organism for point mutations
amrfinder -n genome.fasta --organism Salmonella -o results.tsv
适用场景
- 适合在screening genomes ，用于 AMR genes 或 tracking resistance in surveillance programs时使用。
不适用场景
- Do not rely on this catalog entry alone ，用于 installation 或 maintenance details。
上游相关技能
- metagenomics/amr-detection - AMR from metagenomic samples
- epidemiological-genomics/pathogen-typing - Strain context for AMR
- variant-calling/variant-annotation - Point mutation resistance
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