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bio-epidemiological-genomics-pathogen-typing
维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日
bio-epidemiological-genomics-pathogen-typing：执行 multi-locus sequence typing (MLST)，core genome MLST，、 SNP-based strain typing ，用于 bacterial isolate characterization ，使用 mlst 、 chewBBACA。 适合在identifying strain types，tracking outbreak clones，或 characterizing bacterial isolates时使用。
原始来源
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills
https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-epidemiological-genomics-pathogen-typing
- 维护者
- FreedomIntelligence
- 许可
- MIT
- 最近更新
- 2026年4月1日
技能摘要
来自 SKILL.md 的关键信息
核心说明
- CLI：mlst assembly.fasta ，用于 7-gene MLST typing。
- CLI：chewBBACA.py AlleleCall ，用于 core genome MLST (cgMLST)。
- Type my bacterial isolates by MLST" → Assign multi-locus sequence types to bacterial genomes ，用于 isolate characterization，outbreak clone identification，、 strain tracking. CLI：mlst assembly.fasta ，用于 7-gene MLST typing CLI：chewBBACA.py AlleleCall ，用于 core genome MLST (cgMLST)。
- conda install -c bioconda mlst。
原始文档
SKILL.md 摘录
Specify scheme
mlst --scheme senterica genome.fasta
Include allele sequences in output
mlst --csv genome.fasta > results.csv
## Download or create schema
chewBBACA.py DownloadSchema -sp "Salmonella enterica" -o schema_dir
适用场景
- 适合在identifying strain types，tracking outbreak clones，或 characterizing bacterial isolates时使用。
不适用场景
- Do not rely on this catalog entry alone ，用于 installation 或 maintenance details。
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- epidemiological-genomics/phylodynamics - Time-scaled trees from typed isolates
- epidemiological-genomics/transmission-inference - Outbreak investigation
- metagenomics/kraken-classification - Species identification
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