AR
数据与复现
arxiv-database
arxiv-database：This skill provides Python tools ，用于 searching 、 retrieving preprints ，面向 arXiv.org ，通过 its public Atom A…
K-Dense-AI/claude-scientific-skills查看
数据与复现
BI
bio-epidemiological-genomics-transmission-inference
维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日
bio-epidemiological-genomics-transmission-inference：推断 pathogen transmission networks 、 identify likely transmission pairs ，使用 TransPhylo 、 outbreak reconstruction algorithms。 Estimate who-infected-whom ，面向 genomic 、 epidemiological data。 适合在investigating outbreak transmission chains 或 identifying superspreaders时使用。
原始来源
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills
https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-epidemiological-genomics-transmission-inference
- 维护者
- FreedomIntelligence
- 许可
- MIT
- 最近更新
- 2026年4月1日
技能摘要
来自 SKILL.md 的关键信息
核心说明
- R：TransPhylo：：inferTTree() ，用于 Bayesian transmission tree inference。
- 推断 who infected whom in my outbreak" → Reconstruct transmission networks ，面向 genomic 、 epidemiological data to identify transmission pairs，superspreaders，、 unsampled cases. R：TransPhylo：：inferTTree() ，用于 Bayesian transmission tree inference。
- tree <- read.nexus('dated_tree.nexus')。
原始文档
SKILL.md 摘录
TransPhylo in R
library(TransPhylo)
library(ape)
## Convert to TransPhylo format
ptree <- ptreeFromPhylo(tree, dateLastSample = 2020.5)
## Uses MCMC to sample from posterior distribution
res <- inferTTree(
ptree,
mcmcIterations = 100000,
startNeg = 0.1, # Initial within-host effective population
startOff.r = 2, # Initial R0 estimate
startOff.p = 0.5, # Initial sampling probability
startPi = 0.9, # Initial probability of being sampled
dateT = 2020.6 # End of outbreak observation
)
适用场景
- 适合在investigating outbreak transmission chains 或 identifying superspreaders时使用。
不适用场景
- Do not rely on this catalog entry alone ，用于 installation 或 maintenance details。
上游相关技能
- epidemiological-genomics/phylodynamics - Generate dated trees
- epidemiological-genomics/pathogen-typing - Identify outbreak clones
- data-visualization/interactive-visualization - Visualize transmission
相关技能
相关技能
BA
数据与复现
bayesian-optimizer
bayesian-optimizer：Bayesian optimization ，用于 experimental design 、 hyperparameter tuning in biomedical research。
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills查看
bio-alignment-files-bam-statistics：Compute alignment statistics：flagstat，idxstats，coverage depth。
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills查看
BI
bio-alignment-msa-statistics：Calculate alignment statistics ，涵盖 sequence identity，conservation scores，substitution matri…
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills查看