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BI
bio-epidemiological-genomics-variant-surveillance
维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日
bio-epidemiological-genomics-variant-surveillance：Assign pathogen lineages 、 track variants ，使用 Nextclade 、 pangolin ，用于 viral surveillance。 Monitor variant prevalence 、 identify emerging variants of concern。 适合在classifying viral sequences，tracking lineage dynamics，或 monitoring ，用于 variants of concern时使用。
原始来源
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills
https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-epidemiological-genomics-variant-surveillance
- 维护者
- FreedomIntelligence
- 许可
- MIT
- 最近更新
- 2026年4月1日
技能摘要
来自 SKILL.md 的关键信息
核心说明
- CLI：nextclade run -d sars-cov-2 -i sequences.fasta。
- CLI：pangolin sequences.fasta ，用于 SARS-CoV-2 Pango lineage assignment。
- 分类 my viral sequences into lineages" → Assign pathogen lineages 、 track variants of concern ，使用 Nextclade 或 pangolin ，用于 real-time genomic surveillance. CLI：nextclade run -d sars-cov-2 -i sequences.fasta CLI：pangolin sequences.fasta ，用于 SARS-CoV-2 Pango lineage assignment。
- npm install -g @nextstrain/nextclade。
原始文档
SKILL.md 摘录
Or download binary
curl -fsSL "https://github.com/nextstrain/nextclade/releases/latest/download/nextclade-x86_64-unknown-linux-gnu" -o nextclade chmod +x nextclade
Download dataset (e.g., SARS-CoV-2)
nextclade dataset get --name sars-cov-2 --output-dir data/sars-cov-2
Run analysis
nextclade run
--input-dataset data/sars-cov-2
--output-tsv results.tsv
--output-json results.json
sequences.fasta
适用场景
- 适合在classifying viral sequences，tracking lineage dynamics，或 monitoring ，用于 variants of concern时使用。
不适用场景
- Do not rely on this catalog entry alone ，用于 installation 或 maintenance details。
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