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bio-epitranscriptomics-m6a-differential

维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日

Differential m6A methylation analysis between conditions.

OpenClawNanoClaw分析处理复现实验bio-epitranscriptomics-m6a-differential🧠 bioos extended suitebioos extended bioinformatics suitedifferential

原始来源

FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills

https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-epitranscriptomics-m6a-differential

技能摘要

2 min

design <- data.frame( condition = factor(c('ctrl'，'ctrl'，'treat'，'treat')) )。
result <- exomePeak2( bam_ip = c('ctrl_IP1.bam'，'ctrl_IP2.bam'，'treat_IP1.bam'，'treat_IP2.bam')，bam_input = c('ctrl_Input1.bam'，'ctrl_Input2.bam'，'treat_Input1.bam'，'treat_Input2.bam')，gff = 'genes.gtf'，genome = 'hg38'，experiment_design = design )。

原始文档

library(exomePeak2)

## Get differential sites

diff_sites <- results(result, contrast = c('condition', 'treat', 'ctrl'))

qnb_result <- qnbtest( IP_count_matrix, Input_count_matrix, group = c(1, 1, 2, 2) # 1=ctrl, 2=treat )

Use bio-epitranscriptomics-m6a-differential ，用于 genomics 、 bioinformatics workflows。
Apply bio-epitranscriptomics-m6a-differential to sequencing，variant，或 omics analysis tasks。