数据与复现生物信息与基因组学FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills数据与复现

bio-epitranscriptomics-m6a-peak-calling

维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日

Call m6A peaks from MeRIP-seq with exomePeak2 or MACS2.

OpenClawNanoClaw分析处理复现实验bio-epitranscriptomics-m6a-peak-calling🧠 bioos extended suitebioos extended bioinformatics suitecall

原始来源

FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills

https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-epitranscriptomics-m6a-peak-calling

维护者: FreedomIntelligence
许可: MIT
最近更新: 2026年4月1日

技能摘要

来自 SKILL.md 的关键信息

2 min

核心说明

result <- exomePeak2( bam_ip = c('IP_rep1.bam'，'IP_rep2.bam')，bam_input = c('Input_rep1.bam'，'Input_rep2.bam')，gff = 'genes.gtf'，genome = 'hg38'，paired_end = TRUE )。
exportResults(result，format = 'BED')。

原始文档

SKILL.md 摘录

exomePeak2 (Recommended)

library(exomePeak2)

## Call peaks treating input as control

macs3 callpeak \
    -t IP_rep1.bam IP_rep2.bam \
    -c Input_rep1.bam Input_rep2.bam \
    -f BAMPE \
    -g hs \
    -n m6a_peaks \
    --nomodel \
    --extsize 150 \
    -q 0.05

GTF-aware peak calling

metpeak( IP_BAM = c('IP_rep1.bam', 'IP_rep2.bam'), INPUT_BAM = c('Input_rep1.bam', 'Input_rep2.bam'), GENE_ANNO_GTF = 'genes.gtf', OUTPUT_DIR = 'metpeak_output' )

适用场景

Use bio-epitranscriptomics-m6a-peak-calling ，用于 genomics 、 bioinformatics workflows。
Apply bio-epitranscriptomics-m6a-peak-calling to sequencing，variant，或 omics analysis tasks。