数据与复现生物信息与基因组学FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills数据与复现

bio-epitranscriptomics-merip-preprocessing

维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日

Preprocess MeRIP-seq data for m6A methylation analysis.

OpenClawNanoClaw分析处理复现实验bio-epitranscriptomics-merip-preprocessing🧠 bioos extended suitebioos extended bioinformatics suitepreprocess

原始来源

FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills

https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-epitranscriptomics-merip-preprocessing

技能摘要

2 min

STAR --runMode genomeGenerate \ --genomeDir star_index \ --genomeFastaFiles genome.fa \ --sjdbGTFfile genes.gtf。
用于 sample in IP_rep1 IP_rep2 Input_rep1 Input_rep2；do STAR --genomeDir star_index \ --readFilesIn ${sample}_R1.fastq.gz ${sample}_R2.fastq.gz \ --readFilesCommand zcat \ --outSAMtype BAM SortedByCoordinate \ --outFileNamePrefix ${sample}_ done。

原始文档

for bam in *Aligned.sortedByCoord.out.bam; do samtools index $bam done

samtools flagstat IP_rep1_Aligned.sortedByCoord.out.bam


## IP/Input Correlation

```python
import deeptools.plotCorrelation as pc

Use bio-epitranscriptomics-merip-preprocessing ，用于 genomics 、 bioinformatics workflows。
Apply bio-epitranscriptomics-merip-preprocessing to sequencing，variant，或 omics analysis tasks。