数据与复现生物信息与基因组学FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills数据与复现

bio-expression-matrix-gene-id-mapping

维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日

Map between Ensembl, Entrez, HGNC, and gene symbol identifiers.

OpenClawNanoClaw分析处理复现实验bio-expression-matrix-gene-id-mapping🧠 bioos extended suitebioos extended bioinformatics suitemap

原始来源

FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills

https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-expression-matrix-gene-id-mapping

维护者: FreedomIntelligence
许可: MIT
最近更新: 2026年4月1日

技能摘要

来自 SKILL.md 的关键信息

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核心说明

ensembl_ids = ['ENSG00000141510'，'ENSG00000012048'，'ENSG00000141736'] results = mg.querymany(ensembl_ids，scopes='ensembl.gene'，fields='symbol'，species='human') mapping = {r['query']：r.get('symbol'，None) ，用于 r in results}。
symbols = ['TP53'，'BRCA1'，'ERBB2'] results = mg.querymany(symbols，scopes='symbol'，fields='entrezgene'，species='human') mapping = {r['query']：r.get('entrezgene'，None) ，用于 r in results}。

原始文档

SKILL.md 摘录

Python: mygene

import mygene
import pandas as pd

mg = mygene.MyGeneInfo()

## Ensembl to multiple fields

results = mg.querymany(ensembl_ids, scopes='ensembl.gene',
    fields=['symbol', 'entrezgene', 'uniprot'], species='human')

Python: pyensembl

from pyensembl import EnsemblRelease

适用场景

Use bio-expression-matrix-gene-id-mapping ，用于 genomics 、 bioinformatics workflows。
Apply bio-expression-matrix-gene-id-mapping to sequencing，variant，或 omics analysis tasks。