数据与复现生物信息与基因组学FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills数据与复现

bio-genome-assembly-hifi-assembly

维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日

HiFi (CCS) read assembly with Hifiasm for high-accuracy genomes.

OpenClawNanoClaw分析处理复现实验bio-genome-assembly-hifi-assembly🧠 bioos extended suitebioos extended bioinformatics suitehifi

原始来源

FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills

https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-genome-assembly-hifi-assembly

维护者: FreedomIntelligence
许可: MIT
最近更新: 2026年4月1日

技能摘要

来自 SKILL.md 的关键信息

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核心说明

hifiasm -o output_prefix -t 32 reads.hifi.fastq.gz。
awk '/^S/{print ">"$2；print $3}' output_prefix.bp.p_ctg.gfa > assembly.fasta。

原始文档

SKILL.md 摘录

With parental short reads for trio binning

hifiasm -o trio_asm -t 32
-1 paternal.yak
-2 maternal.yak
child.hifi.fastq.gz

Create yak databases from parental Illumina reads first

yak count -b37 -t16 -o paternal.yak paternal_R1.fq.gz paternal_R2.fq.gz yak count -b37 -t16 -o maternal.yak maternal_R1.fq.gz maternal_R2.fq.gz


## Use Hi-C reads for phasing (no parents needed)

hifiasm -o hic_asm -t 32 \
    --h1 hic_R1.fastq.gz \
    --h2 hic_R2.fastq.gz \
    reads.hifi.fastq.gz

适用场景

Use bio-genome-assembly-hifi-assembly ，用于 genomics 、 bioinformatics workflows。
Apply bio-genome-assembly-hifi-assembly to sequencing，variant，或 omics analysis tasks。