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bio-genome-engineering-hdr-template-design
维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日
bio-genome-engineering-hdr-template-design：Design homology-directed repair donor templates ，用于 CRISPR knock-ins ，使用 primer3-py。 创建 ssODN，dsDNA，或 plasmid templates ，支持 optimized homology arms。 适合在designing donor templates ，用于 precise insertions，tagging，或 allele replacement时使用。
原始来源
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills
https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-genome-engineering-hdr-template-design
- 维护者
- FreedomIntelligence
- 许可
- MIT
- 最近更新
- 2026年4月1日
技能摘要
来自 SKILL.md 的关键信息
核心说明
- Python：primer3.bindings.design_primers() (primer3-py) ，用于 primer/arm design，Bio.Seq ，用于 template construction。
- Design donor template ，用于 my CRISPR knock-in" → Create homology-directed repair templates (ssODN，dsDNA，或 plasmid) ，支持 optimized homology arm lengths 、 silent PAM mutations，，使用 primer3 ，用于 flanking primer design. Python：primer3.bindings.design_primers() (primer3-py) ，用于 primer/arm design，Bio.Seq ，用于 template construction。
- TAGS = { 'FLAG'：'GATTACAAGGATGACGATGACAAG'，'3xFLAG'：'GATTACAAGGATGACGATGACAAGGATTACAAGGATGACGATGACAAGGATTACAAGGATGACGATGACAAG'，'HA'：'TACCCATACGATGTTCCAGATTACGCT'，'V5'：'GGTAAGCCTATCCCTAACCCTCTCCTCGGTCTCGATTCTACG'，'MYC'：'GAACAAAAACTCATCTCAGAAGAGGATCTG'，'6xHIS'：'CATCACCATCACCATCAC'，'GFP_LINKER'：'GGCGGAGGCGGAAGC'，# Flexible linker before GFP }。
- def design_tag_insertion(target_seq，cut_site，tag_name，position='C-term')：'''Design HDR donor ，用于 protein tagging。
- Args：position：'N-term' 或 'C-term' relative to target gene。
原始文档
SKILL.md 摘录
dsDNA Donor Design
Goal: Design a double-stranded DNA donor template with long homology arms for larger CRISPR knock-in insertions, along with PCR primers for amplification.
Approach: Extract left and right homology arms of specified length flanking the cut site, concatenate with the insert sequence, then design PCR primers for the arms and Gibson assembly overlap primers that span the arm-insert junctions.
适用场景
- 适合在designing donor templates ，用于 precise insertions，tagging，或 allele replacement时使用。
不适用场景
- Do not rely on this catalog entry alone ，用于 installation 或 maintenance details。
上游相关技能
- genome-engineering/grna-design - Design guide to create cut site
- primer-design/primer-basics - PCR primer design for cloning
- sequence-io/read-sequences - Read and parse GenBank features
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