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bio-genome-engineering-prime-editing-design
维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日
bio-genome-engineering-prime-editing-design：Design pegRNAs ，用于 prime editing ，使用 PrimeDesign algorithms。 生成 spacer，PBS，、 RT template sequences ，用于 precise genomic modifications without double-strand breaks。 适合在designing prime editing experiments ，用于 precise insertions，deletions，或 point mutations时使用。
原始来源
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills
https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-genome-engineering-prime-editing-design
- 维护者
- FreedomIntelligence
- 许可
- MIT
- 最近更新
- 2026年4月1日
技能摘要
来自 SKILL.md 的关键信息
核心说明
- Python：PrimeDesign algorithms ，支持 Bio.Seq ，用于 sequence handling。
- Design prime editing guide ，用于 my point mutation" → Generate pegRNA sequences (spacer，scaffold，RT template，PBS) ，用于 precise genomic modifications without double-strand breaks，optimizing PBS length 、 RT template ，用于 editing efficiency. Python：PrimeDesign algorithms ，支持 Bio.Seq ，用于 sequence handling。
- CAS9_SCAFFOLD = 'GTTTTAGAGCTAGAAATAGCAAGTTAAAATAAGGCTAGTCCGTTATCAACTTGAAAAAGTGGCACCGAGTCGGTGC。
- def assemble_pegrna(spacer，scaffold，rt_template，pbs)：'''Assemble full pegRNA sequence ，用于 ordering。
- Components in 5' to 3' order：1. Spacer (20nt) 2. Scaffold (~76nt ，用于 SpCas9) 3. RT template (variable) 4. PBS (13-17nt)。
原始文档
SKILL.md 摘录
PE3 Nicking Guide Design
Goal: Design a second nicking guide for the PE3 prime editing strategy to improve editing efficiency by nicking the non-edited strand.
Approach: Search for PAM sites 40-100bp from the pegRNA nick site on the opposite strand, score candidates by proximity to the optimal 50-80bp distance, and return ranked options.
适用场景
- 适合在designing prime editing experiments ，用于 precise insertions，deletions，或 point mutations时使用。
不适用场景
- Do not rely on this catalog entry alone ，用于 installation 或 maintenance details。
上游相关技能
- genome-engineering/grna-design - Standard guide design for comparison
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- variant-calling/variant-annotation - Identify pathogenic variants to correct
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