数据与复现生物信息与基因组学FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills数据与复现

bio-genome-intervals-bed-file-basics

维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日

Read, write, and filter BED files with pybedtools/bedtools.

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原始来源

FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills

https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-genome-intervals-bed-file-basics

维护者: FreedomIntelligence
许可: MIT
最近更新: 2026年4月1日

技能摘要

来自 SKILL.md 的关键信息

2 min

核心说明

BED (Browser Extensible Data) format stores genomic intervals. Uses 0-based，half-open coordinates。
echo -e "chr1\t100\t200\nchr1\t300\t400" > regions.bed。

原始文档

SKILL.md 摘录

Coordinate System

BED uses 0-based, half-open coordinates:

Start: 0-based (first base is 0)
End: exclusive (not included)
Position 100-200 means bases at positions 100-199

Create BED6 with name and strand

echo -e "chr1\t100\t200\tpeak1\t100\t+" > peaks.bed


## From string

bed_string = '''chr1\t100\t200\tpeak1\t100\t+
chr1\t300\t400\tpeak2\t200\t-'''
bed = pybedtools.BedTool(bed_string, from_string=True)

适用场景

Use bio-genome-intervals-bed-file-basics ，用于 genomics 、 bioinformatics workflows。
Apply bio-genome-intervals-bed-file-basics to sequencing，variant，或 omics analysis tasks。