数据与复现生物信息与基因组学FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills数据与复现

bio-genome-intervals-coverage-analysis

维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日

Compute read depth coverage across genomic regions.

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原始来源

FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills

https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-genome-intervals-coverage-analysis

维护者: FreedomIntelligence
许可: MIT
最近更新: 2026年4月1日

技能摘要

来自 SKILL.md 的关键信息

2 min

核心说明

Calculate coverage 、 depth across genomic regions ，使用 bedtools 、 pybedtools。
bedtools genomecov -ibam alignments.bam -bg > coverage.bedGraph。

原始文档

SKILL.md 摘录

Include zero-coverage regions

bedtools genomecov -ibam alignments.bam -bga > coverage_with_zeros.bedGraph

Split by strand

bedtools genomecov -ibam alignments.bam -bg -strand + > plus_strand.bedGraph bedtools genomecov -ibam alignments.bam -bg -strand - > minus_strand.bedGraph

Scale by total reads (RPM normalization)

TOTAL=$(samtools view -c alignments.bam) SCALE=$(echo "scale=10; 1000000/$TOTAL" | bc) bedtools genomecov -ibam alignments.bam -bg -scale $SCALE > normalized.bedGraph

适用场景

Use bio-genome-intervals-coverage-analysis ，用于 genomics 、 bioinformatics workflows。
Apply bio-genome-intervals-coverage-analysis to sequencing，variant，或 omics analysis tasks。