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BI
bio-hi-c-analysis-contact-pairs
维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日
bio-hi-c-analysis-contact-pairs：Process Hi-C read pairs ，使用 pairtools。 解析 alignments，filter duplicates，classify pairs，、 generate contact statistics ，面向 Hi-C sequencing data。 适合在processing raw Hi-C read pairs时使用。
原始来源
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills
https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-hi-c-analysis-contact-pairs
- 维护者
- FreedomIntelligence
- 许可
- MIT
- 最近更新
- 2026年4月1日
技能摘要
来自 SKILL.md 的关键信息
核心说明
- CLI：pairtools parse → pairtools sort → pairtools dedup → pairtools stats。
- Process my Hi-C read pairs" → Parse aligned Hi-C reads into contact pairs，filter duplicates，classify pair types (cis/trans)，、 generate contact statistics. CLI：pairtools parse → pairtools sort → pairtools dedup → pairtools stats。
- Process Hi-C read pairs ，支持 pairtools。
- pairtools parse \ --chroms-path chromsizes.txt \ --min-mapq 30 \ --walks-policy 5unique \ --output parsed.pairs.gz \ aligned.bam。
原始文档
SKILL.md 摘录
With restriction enzyme cut sites
pairtools parse
--chroms-path chromsizes.txt
--min-mapq 30
--walks-policy 5unique
--add-columns mapq
aligned.bam |
pairtools restrict -f enzyme_sites.bed |
gzip > parsed.restricted.pairs.gz
## Sort pairs by position
pairtools sort \
--nproc 8 \
--output sorted.pairs.gz \
parsed.pairs.gz
Mark and remove PCR duplicates
pairtools dedup
--max-mismatch 1
--mark-dups
--output deduped.pairs.gz
--output-stats dedup_stats.txt
sorted.pairs.gz
适用场景
- 适合在processing raw Hi-C read pairs时使用。
不适用场景
- Do not rely on this catalog entry alone ，用于 installation 或 maintenance details。
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