数据与复现生物信息与基因组学FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills数据与复现

bio-hi-c-analysis-hic-data-io

维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日

Load, convert, and manipulate Hi-C contact matrices using cooler format. Read.cool/.mcool files, convert from.hic format, access matrix data, and export to different formats. Use when loading or converting Hi-C contact matrices.

OpenClawNanoClaw分析处理复现实验bio-hi-c-analysis-hic-data-io🧬 bioinformatics (gptomics bio-* suite)bioinformatics — epigenomics & chromatinload

原始来源

FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills

https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-hi-c-analysis-hic-data-io

维护者: FreedomIntelligence
许可: MIT
最近更新: 2026年4月1日

技能摘要

来自 SKILL.md 的关键信息

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核心说明

Python：cooler.Cooler('file.mcool：：resolutions/10000')。
CLI：cooler load，hic2cool convert。
Load my Hi-C contact matrix" → Read.cool/.mcool/.hic files into Python，access contact pixels，convert between formats，、 export subsets. Python：cooler.Cooler('file.mcool：：resolutions/10000') CLI：cooler load，hic2cool convert。
Load 、 manipulate Hi-C contact matrices in cooler format。
clr = cooler.Cooler('matrix.cool')。

原始文档

SKILL.md 摘录

Basic info

print(f'Chromosomes: {clr.chromnames}') print(f'Bin size: {clr.binsize}') print(f'Number of bins: {clr.info["nbins"]}') print(f'Sum of counts: {clr.info["sum"]}')


## List available resolutions

resolutions = cooler.fileops.list_coolers('matrix.mcool')
print(f'Available resolutions: {resolutions}')

## Load specific resolution

clr = cooler.Cooler('matrix.mcool::resolutions/10000')
print(f'Loaded at {clr.binsize}bp resolution')