数据与复现生物信息与基因组学FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills数据与复现

bio-hi-c-analysis-tad-detection

维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日

Call topologically associating domains (TADs) from Hi-C data using insulation score, HiCExplorer, and other methods. Identify domain boundaries and hierarchical domain structure. Use when calling TADs from Hi-C insulation scores.

OpenClawNanoClaw分析处理复现实验bio-hi-c-analysis-tad-detection🧬 bioinformatics (gptomics bio-* suite)bioinformatics — epigenomics & chromatincall

原始来源

FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills

https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-hi-c-analysis-tad-detection

维护者: FreedomIntelligence
许可: MIT
最近更新: 2026年4月1日

技能摘要

来自 SKILL.md 的关键信息

2 min

核心说明

Python：cooltools.insulation(clr，window_bp) then threshold boundary strength。
CLI：hicFindTADs (HiCExplorer)。
Call TADs ，面向 my Hi-C data" → Identify topologically associating domain boundaries ，使用 insulation score minima 或 other boundary-detection algorithms. Python：cooltools.insulation(clr，window_bp) then threshold boundary strength CLI：hicFindTADs (HiCExplorer)。
Call topologically associating domains ，面向 Hi-C contact matrices。
insulation = cooltools.insulation( clr，window_bp=[100000，200000，500000]，# Multiple window sizes ignore_diags=2，)。

原始文档

SKILL.md 摘录

Compute Insulation Score

clr = cooler.Cooler('matrix.mcool::resolutions/10000')
view_df = bioframe.make_viewframe(clr.chromsizes)

## Find boundaries (local minima in insulation score)

boundaries = cooltools.find_insulation(
    clr,
    window_bp=200000,  # Single window
    ignore_diags=2,
    min_dist_bad_bin=0,
)

## Filter significant boundaries

boundaries['is_boundary'] = boundaries['boundary_strength'] > 0.1
strong_boundaries = boundaries[boundaries['is_boundary']]
print(f'Found {len(strong_boundaries)} TAD boundaries')