bio-machine-learning-atlas-mapping：映射 query cells to reference atlases ，支持 scANVI 或 Symphony。
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文献综述
BI
bio-longread-alignment
维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日
bio-longread-alignment：Align long reads ，使用 minimap2 ，用于 Oxford Nanopore 、 PacBio data。 支持 various presets ，用于 different read types 、 applications。 适合在aligning ONT 或 PacBio reads to reference genome ，用于 variant calling，SV detection，或 coverage analysis时使用。
原始来源
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills
https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-longread-alignment
- 维护者
- FreedomIntelligence
- 许可
- MIT
- 最近更新
- 2026年4月1日
技能摘要
来自 SKILL.md 的关键信息
核心说明
- CLI：minimap2 -ax map-ont ref.fa reads.fq | samtools sort -o aligned.bam (ONT)，minimap2 -ax map-hifi (PacBio HiFi)。
- Align my long reads to reference" → Map ONT 或 PacBio reads ，使用 minimap2 ，支持 technology-specific presets ，用于 optimal sensitivity 、 accuracy. CLI：minimap2 -ax map-ont ref.fa reads.fq | samtools sort -o aligned.bam (ONT)，minimap2 -ax map-hifi (PacBio HiFi)。
- minimap2 -ax map-ont reference.fa reads.fastq.gz | \ samtools sort -o aligned.bam samtools index aligned.bam。
原始文档
SKILL.md 摘录
PacBio HiFi reads (high accuracy)
minimap2 -ax map-hifi reference.fa reads.fastq.gz |
samtools sort -o aligned.bam
samtools index aligned.bam
## PacBio CLR (continuous long reads, lower accuracy)
minimap2 -ax map-pb reference.fa reads.fastq.gz | \
samtools sort -o aligned.bam
samtools index aligned.bam
Build index once
minimap2 -d reference.mmi reference.fa
适用场景
- 适合在aligning ONT 或 PacBio reads to reference genome ，用于 variant calling，SV detection，或 coverage analysis时使用。
不适用场景
- Do not treat this catalog entry as substitute ，用于 full upstream workflow。
上游相关技能
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- structural-variants - Call SVs from alignments
- alignment-files/sam-bam-basics - BAM manipulation
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