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BI
bio-longread-qc
维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日
bio-longread-qc：Quality control ，用于 long-read sequencing data ，使用 NanoPlot，NanoStat，、 chopper。 生成 QC reports，filter reads by length 、 quality，、 visualize read characteristics。 适合在assessing ONT 或 PacBio run quality 或 filtering reads before assembly 或 alignment时使用。
原始来源
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills
https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-longread-qc
- 维护者
- FreedomIntelligence
- 许可
- MIT
- 最近更新
- 2026年4月1日
技能摘要
来自 SKILL.md 的关键信息
核心说明
- CLI：NanoPlot --fastq reads.fq.gz -o nanoplot_output/，chopper -q 10 -l 1000 < reads.fq > filtered.fq。
- Check quality of my Nanopore/PacBio run" → Generate read length distributions，quality score plots，、 summary statistics，then filter reads by length 、 quality thresholds. CLI：NanoPlot --fastq reads.fq.gz -o nanoplot_output/，chopper -q 10 -l 1000 < reads.fq > filtered.fq。
- NanoPlot --fastq reads.fastq.gz -o nanoplot_output -t 4。
原始文档
SKILL.md 摘录
From BAM
NanoPlot --bam aligned.bam -o nanoplot_output -t 4
From sequencing summary (fastest)
NanoPlot --summary sequencing_summary.txt -o nanoplot_output
## Quick statistics (no plots)
NanoStat --fastq reads.fastq.gz --threads 4
适用场景
- 适合在assessing ONT 或 PacBio run quality 或 filtering reads before assembly 或 alignment时使用。
不适用场景
- Do not rely on this catalog entry alone ，用于 installation 或 maintenance details。
上游相关技能
- long-read-alignment - Align filtered reads
- sequence-io/fastq-quality - FASTQ quality analysis
- medaka-polishing - Polish with filtered reads
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