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文献综述
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bio-machine-learning-atlas-mapping
维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日
bio-machine-learning-atlas-mapping：映射 query cells to reference atlases ，支持 scANVI 或 Symphony。
原始来源
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills
https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-machine-learning-atlas-mapping
- 维护者
- FreedomIntelligence
- 许可
- MIT
- 最近更新
- 2026年4月1日
技能摘要
来自 SKILL.md 的关键信息
核心说明
- adata_ref = sc.read_h5ad('reference.h5ad')。
- scvi.model.SCVI.setup_anndata(adata_ref，layer='counts'，batch_key='batch') ref_model = scvi.model.SCVI.load('reference_model/'，adata=adata_ref)。
原始文档
SKILL.md 摘录
scVI Reference Mapping (scArches)
import scvi
import scanpy as sc
## Prepare query data
adata_query = sc.read_h5ad('query.h5ad')
## Subset to reference genes
adata_query = adata_query[:, adata_ref.var_names].copy()
适用场景
- Use bio-machine-learning-atlas-mapping ，用于 manuscript drafting 、 submission workflows。
- Apply bio-machine-learning-atlas-mapping when polishing research communication outputs。
不适用场景
- Do not treat this catalog entry as substitute ，用于 full upstream workflow。
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- single-cell/cell-annotation - Manual annotation methods
- single-cell/batch-integration - Batch effect correction
- single-cell/preprocessing - Data preparation before transfer
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