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bio-metagenomics-kraken

维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日

bio-metagenomics-kraken：Taxonomic 分类 of metagenomic reads ，使用 Kraken2。 Fast k-mer based 分类 against RefSeq database。适合在performing initial taxonomic 分类 of shotgun metagenomic reads before abundance estimation ，支持 Bracken时使用。

OpenClawNanoClaw选题发现数据建库bio-metagenomics-kraken🧬 bioinformatics (gptomics bio-* suite)bioinformatics — metagenomics & microbiometaxonomic

原始来源

FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills

https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-metagenomics-kraken

维护者: FreedomIntelligence
许可: MIT
最近更新: 2026年4月1日

技能摘要

来自 SKILL.md 的关键信息

2 min

核心说明

CLI：kraken2 --db db --paired R1.fastq R2.fastq --report report.txt。
分类 what organisms are in my metagenomic sample" → Assign taxonomic labels to sequencing reads ，使用 exact k-mer matching against reference database ，用于 fast initial 分类. CLI：kraken2 --db db --paired R1.fastq R2.fastq --report report.txt。
kraken2 --db /path/to/kraken2_db \ --output output.kraken \ --report report.txt \ reads.fastq.gz。

原始文档

SKILL.md 摘录

For systems with limited RAM

kraken2 --db /path/to/kraken2_db
--memory-mapping \ # Use disk-based database --output output.kraken
--report report.txt
reads.fastq.gz


## Save space by not writing per-read classifications

kraken2 --db /path/to/kraken2_db \
    --report report.txt \
    --report-zero-counts \         # Include taxa with 0 counts
    reads.fastq.gz

Separate classified and unclassified reads

kraken2 --db /path/to/kraken2_db
--classified-out classified#.fq \ # # replaced by 1/2 for PE --unclassified-out unclassified#.fq
--output output.kraken
--report report.txt
--paired
reads_R1.fastq.gz reads_R2.fastq.gz