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数据与复现
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bio-metagenomics-visualization
维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日
bio-metagenomics-visualization：可视化 metagenomic profiles ，使用 R (phyloseq，microbiome) 、 Python (matplotlib，seaborn)。 创建 stacked bar plots，heatmaps，PCA plots，、 diversity analyses。 适合在creating 论文级图表 ，面向 MetaPhlAn，Bracken，或 other taxonomic profiling output时使用。
原始来源
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills
https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-metagenomics-visualization
- 维护者
- FreedomIntelligence
- 许可
- MIT
- 最近更新
- 2026年4月1日
技能摘要
来自 SKILL.md 的关键信息
核心说明
- R：phyloseq：：plot_bar()，microbiome package。
- Python：matplotlib/seaborn ，支持 pandas ，用于 custom compositions。
- 可视化 taxonomic composition of my metagenomes" → Create 论文级图表 (stacked bars，heatmaps，ordination plots) ，面向 taxonomic profiling output to compare community composition across samples. R：phyloseq：：plot_bar()，microbiome package Python：matplotlib/seaborn ，支持 pandas ，用于 custom compositions。
- abundance <- read.table('merged_abundance.txt'，sep = '\t'，header = TRUE，row.names = 1)。
原始文档
SKILL.md 摘录
R - phyloseq Setup
Goal: Convert a MetaPhlAn merged abundance table into a phyloseq object for ecological analysis and visualization in R.
Approach: Filter to species-level rows, clean taxonomy names, build an OTU table and sample metadata data frame, and assemble into a phyloseq object.
library(phyloseq)
library(ggplot2)
library(vegan)
## Filter to species level
species <- abundance[grepl('s__', rownames(abundance)), ]
rownames(species) <- sapply(strsplit(rownames(species), '\\|'), tail, 1)
rownames(species) <- gsub('s__', '', rownames(species))
## Create phyloseq object
otu <- otu_table(as.matrix(species), taxa_are_rows = TRUE)
适用场景
- 适合在creating 论文级图表 ，面向 MetaPhlAn，Bracken，或 other taxonomic profiling output时使用。
不适用场景
- Do not rely on this catalog entry alone ，用于 installation 或 maintenance details。
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- metaphlan-profiling - Generate input data
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