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bio-longread-alignment：Align long reads ，使用 minimap2 ，用于 Oxford Nanopore 、 PacBio data。 支持 various presets ，用于 different…
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文献综述
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bio-methylation-bismark-alignment
维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日
bio-methylation-bismark-alignment：Bisulfite sequencing read alignment ，使用 Bismark ，支持 bowtie2/hisat2。 Handles genome preparation 、 produces BAM files ，支持 methylation information。 适合在aligning WGBS，RRBS，或 other bisulfite-converted sequencing reads to reference genome时使用。
原始来源
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills
https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-methylation-bismark-alignment
- 维护者
- FreedomIntelligence
- 许可
- MIT
- 最近更新
- 2026年4月1日
技能摘要
来自 SKILL.md 的关键信息
核心说明
- CLI：bismark_genome_preparation genome/ then bismark --genome genome/ reads.fq.gz。
- Align my bisulfite sequencing reads" → Map WGBS/RRBS reads to in-silico bisulfite-converted reference genome，producing BAM files ，支持 methylation context tags. CLI：bismark_genome_preparation genome/ then bismark --genome genome/ reads.fq.gz。
- bismark_genome_preparation --bowtie2 /path/to/genome_folder/。
原始文档
SKILL.md 摘录
Reduced Representation Bisulfite Sequencing
bismark --genome /path/to/genome_folder/
--pbat \ # For PBAT libraries (post-bisulfite adapter tagging)
reads.fastq.gz
Post-Bisulfite Adapter Tagging (e.g., scBS-seq)
bismark --genome /path/to/genome_folder/ --pbat reads.fastq.gz
## For libraries where all 4 strands are present
bismark --genome /path/to/genome_folder/ --non_directional reads.fastq.gz
适用场景
- 适合在aligning WGBS，RRBS，或 other bisulfite-converted sequencing reads to reference genome时使用。
不适用场景
- Do not treat this catalog entry as substitute ，用于 full upstream workflow。
上游相关技能
- methylation-calling - Extract methylation from Bismark BAM
- methylkit-analysis - Import Bismark output to R
- sequence-io/read-sequences - FASTQ handling
- alignment-files/sam-bam-basics - BAM manipulation
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