数据与复现生物信息与基因组学FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills数据与复现

bio-microbiome-qiime2-workflow

维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日

QIIME2 command-line workflow for 16S/ITS amplicon analysis. Alternative to DADA2/phyloseq R workflow with built-in provenance tracking. Use when preferring CLI over R, needing reproducible provenance, or working within QIIME2 ecosystem.

OpenClawNanoClaw分析处理复现实验bio-microbiome-qiime2-workflow🧬 bioinformatics (gptomics bio-* suite)bioinformatics — metagenomics & microbiomeqiime2

原始来源

FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills

https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-microbiome-qiime2-workflow

维护者: FreedomIntelligence
许可: MIT
最近更新: 2026年4月1日

技能摘要

来自 SKILL.md 的关键信息

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核心说明

CLI：qiime dada2 denoise-paired，qiime diversity core-metrics-phylogenetic。
运行 my amplicon analysis through QIIME2" → Process 16S/ITS amplicon data end-to-end ，使用 QIIME2 CLI ，支持 built-in provenance tracking，，面向 import through denoising，taxonomy，、 diversity analysis. CLI：qiime dada2 denoise-paired，qiime diversity core-metrics-phylogenetic。
qiime tools import \ --type 'SampleData[PairedEndSequencesWithQuality]' \ --input-path manifest.tsv \ --output-path demux.qza \ --input-format PairedEndFastqManifestPhred33V2。

原始文档

SKILL.md 摘录

View demultiplexed summary

qiime demux summarize
--i-data demux.qza
--o-visualization demux.qzv


## DADA2 denoising (creates ASV table + representative sequences)

qiime dada2 denoise-paired \
    --i-demultiplexed-seqs demux.qza \
    --p-trunc-len-f 240 \
    --p-trunc-len-r 160 \
    --p-trim-left-f 0 \
    --p-trim-left-r 0 \
    --p-max-ee-f 2 \
    --p-max-ee-r 2 \
    --p-n-threads 0 \
    --o-table table.qza \
    --o-representative-sequences rep-seqs.qza \
    --o-denoising-stats denoising-stats.qza

## View denoising stats

qiime metadata tabulate \
    --m-input-file denoising-stats.qza \
    --o-visualization denoising-stats.qzv