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文献综述
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bio-microbiome-taxonomy-assignment
维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日
bio-microbiome-taxonomy-assignment：Taxonomic 分类 of ASVs ，使用 reference databases like SILVA，GTDB，或 UNITE。 Covers naive Bayes classifiers (DADA2，IDTAXA) 、 exact matching approaches。 适合在assigning taxonomy to ASVs after DADA2 amplicon processing时使用。
原始来源
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills
https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-microbiome-taxonomy-assignment
- 维护者
- FreedomIntelligence
- 许可
- MIT
- 最近更新
- 2026年4月1日
技能摘要
来自 SKILL.md 的关键信息
核心说明
- R：dada2：：assignTaxonomy() ，支持 SILVA/GTDB reference。
- CLI：qiime feature-classifier classify-sklearn ，用于 QIIME2 workflows。
- Assign taxonomy to my ASVs" → Classify amplicon sequence variants against reference databases (SILVA，GTDB，UNITE) ，使用 naive Bayes 或 exact-matching approaches ，用于 taxonomic annotation. R：dada2：：assignTaxonomy() ，支持 SILVA/GTDB reference CLI：qiime feature-classifier classify-sklearn ，用于 QIIME2 workflows。
- taxa <- assignTaxonomy(seqtab_nochim，'silva_nr99_v138.1_train_set.fa.gz'，multithread = TRUE)。
原始文档
SKILL.md 摘录
DADA2 Naive Bayes Classifier
library(dada2)
seqtab_nochim <- readRDS('seqtab_nochim.rds')
## Add species-level (exact matching)
taxa <- addSpecies(taxa, 'silva_species_assignment_v138.1.fa.gz')
## GTDB-formatted database (better for environmental samples)
taxa_gtdb <- assignTaxonomy(seqtab_nochim, 'GTDB_bac120_arc53_ssu_r220_fullTaxo.fa.gz',
multithread = TRUE)
适用场景
- 适合在assigning taxonomy to ASVs after DADA2 amplicon processing时使用。
不适用场景
- Do not treat this catalog entry as substitute ，用于 full upstream workflow。
上游相关技能
- amplicon-processing - Generate ASV table for classification
- diversity-analysis - Analyze classified communities
- metagenomics/kraken-classification - Read-level taxonomic classification
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