数据与复现蛋白结构与设计FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills数据与复现

bio-pdb-structure-modification

维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日

Modify protein structures using Biopython Bio.PDB. Use when transforming coordinates, removing atoms or residues, adding new entities, modifying B-factors and occupancies, or building structures programmatically.

OpenClawNanoClaw分析处理复现实验bio-pdb-structure-modification🧬 bioinformatics (gptomics bio-* suite)bioinformatics — structural biology & cheminformaticsmodify

原始来源

FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills

https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-pdb-structure-modification

维护者: FreedomIntelligence
许可: MIT
最近更新: 2026年4月1日

技能摘要

来自 SKILL.md 的关键信息

2 min

核心说明

Python：Bio.PDB.PDBIO() ，支持 Select subclass ，用于 filtering，Bio.PDB.Superimposer() ，用于 transforms。
提取 chain ，面向 PDB file" → Remove/add atoms，residues，或 chains；transform coordinates；modify B-factors 、 occupancies；build structures programmatically. Python：Bio.PDB.PDBIO() ，支持 Select subclass ，用于 filtering，Bio.PDB.Superimposer() ，用于 transforms。
转换 coordinates，remove/add entities，modify properties，、 build structures programmatically。
translation = np.array([10.0，0.0，0.0]) ，用于 atom in structure.get_atoms()：atom.coord = atom.coord + translation。

原始文档

SKILL.md 摘录

Transforming Coordinates

from Bio.PDB import PDBParser, PDBIO
import numpy as np

parser = PDBParser(QUIET=True)
structure = parser.get_structure('protein', 'protein.pdb')

## Save transformed structure

io = PDBIO()
io.set_structure(structure)
io.save('translated.pdb')

Rotation Around Axis

from Bio.PDB import PDBParser
from Bio.PDB.vectors import rotaxis
import numpy as np

parser = PDBParser(QUIET=True)
structure = parser.get_structure('protein', 'protein.pdb')

适用场景

适合在transforming coordinates，removing atoms 或 residues，adding new entities，modifying B-factors 、 occupancies，或 building structures programmatically时使用。