数据与复现生物信息与基因组学FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills数据与复现

bio-phylo-distance-calculations

维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日

Compute pairwise phylogenetic distances and diversity metrics.

OpenClawNanoClaw分析处理复现实验bio-phylo-distance-calculations🧠 bioos extended suitebioos extended bioinformatics suitecompute

原始来源

FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills

https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-phylo-distance-calculations

维护者: FreedomIntelligence
许可: MIT
最近更新: 2026年4月1日

技能摘要

来自 SKILL.md 的关键信息

2 min

核心说明

Compute distances ，面向 alignments 、 construct phylogenetic trees。
calculator = DistanceCalculator('identity') # Simple identity-based distance dm = calculator.get_distance(alignment) print(dm)。

原始文档

SKILL.md 摘录

Distance Matrix from Alignment

from Bio import AlignIO
from Bio.Phylo.TreeConstruction import DistanceCalculator

alignment = AlignIO.read('alignment.fasta', 'fasta')

## Available models for DNA

calculator = DistanceCalculator('blastn')  # BLASTN-style distance

## Available models for protein

calculator = DistanceCalculator('blosum62')  # BLOSUM62-based distance

适用场景

Use bio-phylo-distance-calculations ，用于 genomics 、 bioinformatics workflows。
Apply bio-phylo-distance-calculations to sequencing，variant，或 omics analysis tasks。