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BI
bio-population-genetics-linkage-disequilibrium
维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日
Compute LD metrics (r², D') and LD decay analysis.
原始来源
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills
https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-population-genetics-linkage-disequilibrium
- 维护者
- FreedomIntelligence
- 许可
- MIT
- 最近更新
- 2026年4月1日
技能摘要
来自 SKILL.md 的关键信息
核心说明
- Calculate LD statistics，prune correlated variants，、 identify haplotype blocks。
- plink2 --bfile data --r2 --ld-window-kb 1000 --ld-window-r2 0.2 --out ld_results。
原始文档
SKILL.md 摘录
With SNP names in output
plink2 --bfile data --r2 inter-chr --ld-window-r2 0 --out all_pairs
Squared correlation matrix
plink2 --bfile data --r2-phased square --out ld_matrix
## ld_results.ld contains:
CHR_A BP_A SNP_A CHR_B BP_B SNP_B R2
适用场景
- Use bio-population-genetics-linkage-disequilibrium ，用于 genomics 、 bioinformatics workflows。
- Apply bio-population-genetics-linkage-disequilibrium to sequencing，variant，或 omics analysis tasks。
不适用场景
- Do not rely on this catalog entry alone ，用于 installation 或 maintenance details。
上游相关技能
- plink-basics - File format handling
- population-structure - Use pruned data for PCA
- association-testing - LD clumping for GWAS
- selection-statistics - LD affects EHH statistics
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