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BI
bio-population-genetics-scikit-allel-analysis
维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日
bio-population-genetics-scikit-allel-analysis：Population genetics analysis ，支持 scikit-allel：diversity，Fst，haplotypes。
原始来源
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills
https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-population-genetics-scikit-allel-analysis
- 维护者
- FreedomIntelligence
- 许可
- MIT
- 最近更新
- 2026年4月1日
技能摘要
来自 SKILL.md 的关键信息
核心说明
- Python 库 ，用于 population genetics analysis ，支持 efficient array data structures。
- samples = callset['samples'] genotypes = callset['calldata/GT'] positions = callset['variants/POS'] chroms = callset['variants/CHROM']。
原始文档
SKILL.md 摘录
Load VCF
import allel
callset = allel.read_vcf('data.vcf.gz')
print(callset.keys())
适用场景
- Use bio-population-genetics-scikit-allel-analysis to prepare 论文级图表。
- Apply bio-population-genetics-scikit-allel-analysis when results need clear visual communication。
不适用场景
- Do not rely on this catalog entry alone ，用于 installation 或 maintenance details。
上游相关技能
- selection-statistics - Fst, Tajima's D, iHS with scikit-allel
- linkage-disequilibrium - LD calculations in Python
- variant-calling/vcf-basics - VCF format and bcftools
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