数据与复现生物信息与基因组学FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills数据与复现

bio-population-genetics-selection-statistics

维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日

Detect natural selection signatures: iHS, XP-EHH, Tajima's D.

OpenClawNanoClaw分析处理复现实验bio-population-genetics-selection-statistics🧠 bioos extended suitebioos extended bioinformatics suitedetect

原始来源

FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills

https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-population-genetics-selection-statistics

维护者: FreedomIntelligence
许可: MIT
最近更新: 2026年4月1日

技能摘要

来自 SKILL.md 的关键信息

2 min

核心说明

检测 natural selection signatures ，使用 diversity statistics 、 extended haplotype homozygosity。
vcftools --vcf data.vcf --weir-fst-pop pop1.txt --weir-fst-pop pop2.txt --out fst_result。

原始文档

SKILL.md 摘录

With window

vcftools --vcf data.vcf --weir-fst-pop pop1.txt --weir-fst-pop pop2.txt
--fst-window-size 100000 --fst-window-step 50000 --out fst_windowed


## Interpretation

| D Value | Interpretation |
|---------|---------------|
| D < -2 | Recent selective sweep or population expansion |
| D ≈ 0 | Neutral evolution |
| D > 2 | Balancing selection or population bottleneck |

## vcftools

```bash
vcftools --vcf data.vcf --TajimaD 100000 --out tajima

适用场景

Use bio-population-genetics-selection-statistics ，用于 genomics 、 bioinformatics workflows。
Apply bio-population-genetics-selection-statistics to sequencing，variant，或 omics analysis tasks。