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bio-primer-design-primer-basics

维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日

Design PCR primers with Primer3 for standard amplification.

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原始来源

FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills

https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-primer-design-primer-basics

维护者: FreedomIntelligence
许可: MIT
最近更新: 2026年4月1日

技能摘要

来自 SKILL.md 的关键信息

2 min

核心说明

Design PCR primers ，使用 primer3-py，Python binding ，用于 Primer3。
raw_seq = ' atgc gatc GATC ' clean_seq = p3helpers.sanitize_sequence(raw_seq) print(f'Cleaned：{clean_seq}') # 'ATGCGATCGATC。

原始文档

SKILL.md 摘录

Reverse complement for designing reverse primers

seq = 'ATGCGATCGATC' rc_seq = p3helpers.reverse_complement(seq) print(f'Reverse complement: {rc_seq}') # 'GATCGATCGCAT'

Ensure valid DNA sequence (ACGT only, uppercase)

valid_seq = p3helpers.ensure_acgt_uppercase('atgcNNgatc') # Raises error if invalid


## Target a specific region: [start, length]

result = primer3.design_primers(
    seq_args={
        'SEQUENCE_TEMPLATE': sequence,
        'SEQUENCE_TARGET': [100, 50],  # Target region at position 100, length 50
    },
    global_args={
        'PRIMER_PRODUCT_SIZE_RANGE': [[150, 300]],
        'PRIMER_OPT_TM': 60.0,
    }
)

适用场景

Use bio-primer-design-primer-basics ，用于 genomics 、 bioinformatics workflows。
Apply bio-primer-design-primer-basics to sequencing，variant，或 omics analysis tasks。