数据与复现生物信息与基因组学FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills数据与复现

bio-primer-design-primer-validation

维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日

Validate primer specificity by BLAST and thermodynamic analysis.

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原始来源

FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills

https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-primer-design-primer-validation

维护者: FreedomIntelligence
许可: MIT
最近更新: 2026年4月1日

技能摘要

来自 SKILL.md 的关键信息

2 min

核心说明

Check primers ，用于 secondary structures，dimers，、 other issues ，使用 primer3-py。
annealing_temp = 60.0 if hairpin.tm > annealing_temp - 10：print(f'WARNING：Hairpin Tm too high ，用于 annealing at {annealing_temp}C')。

原始文档

SKILL.md 摘录

Check Hairpin Formation

primer = 'ATGCGATCGATCGATCGATC'

hairpin = primer3.calc_hairpin(primer)
print(f'Hairpin Tm: {hairpin.tm:.1f}C')
print(f'Hairpin dG: {hairpin.dg:.1f} cal/mol')
print(f'Hairpin dH: {hairpin.dh:.1f} cal/mol')
print(f'Hairpin dS: {hairpin.ds:.1f} cal/mol/K')

## Check Self-Dimer (Homodimer)

```python
primer = 'ATGCGATCGATCGATCGATC'

homodimer = primer3.calc_homodimer(primer)
print(f'Homodimer Tm: {homodimer.tm:.1f}C')
print(f'Homodimer dG: {homodimer.dg:.1f} cal/mol')

## Self-dimer is problematic if Tm is close to annealing temp

if homodimer.tm > 40:
    print('WARNING: Significant self-dimer potential')

适用场景

Use bio-primer-design-primer-validation ，用于 genomics 、 bioinformatics workflows。
Apply bio-primer-design-primer-validation to sequencing，variant，或 omics analysis tasks。