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bio-longread-alignment：Align long reads ，使用 minimap2 ，用于 Oxford Nanopore 、 PacBio data。 支持 various presets ，用于 different…
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文献综述
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bio-read-alignment-bwa-alignment
维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日
bio-read-alignment-bwa-alignment：Align short reads to reference genome ，支持 BWA-MEM。
原始来源
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills
https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-read-alignment-bwa-alignment
- 维护者
- FreedomIntelligence
- 许可
- MIT
- 最近更新
- 2026年4月1日
技能摘要
来自 SKILL.md 的关键信息
核心说明
- bwa-mem2 index reference.fa。
- bwa-mem2 mem -t 8 reference.fa reads_1.fq.gz reads_2.fq.gz > aligned.sam。
原始文档
SKILL.md 摘录
Single-end reads
bwa-mem2 mem -t 8 reference.fa reads.fq.gz > aligned.sam
## Add read group information (required for GATK)
bwa-mem2 mem -t 8 \
-R '@RG\tID:sample1\tSM:sample1\tPL:ILLUMINA\tLB:lib1' \
reference.fa reads_1.fq.gz reads_2.fq.gz > aligned.sam
Pipe to samtools for sorted BAM output
bwa-mem2 mem -t 8
-R '@RG\tID:sample1\tSM:sample1\tPL:ILLUMINA'
reference.fa reads_1.fq.gz reads_2.fq.gz |
samtools sort -@ 4 -o aligned.sorted.bam -
适用场景
- Use bio-read-alignment-bwa-alignment ，用于 manuscript drafting 、 submission workflows。
- Apply bio-read-alignment-bwa-alignment when polishing research communication outputs。
不适用场景
- Do not treat this catalog entry as substitute ，用于 full upstream workflow。
上游相关技能
- read-qc/fastp-workflow - Preprocess reads before alignment
- alignment-files/alignment-sorting - Post-alignment processing
- alignment-files/duplicate-handling - Mark duplicates
- variant-calling/variant-calling - Call variants from BAM
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