数据与复现生物信息与基因组学FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills数据与复现

bio-read-alignment-hisat2-alignment

维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日

Splice-aware RNA-seq alignment with HISAT2.

OpenClawNanoClaw分析处理复现实验bio-read-alignment-hisat2-alignment🧠 bioos extended suitebioos extended bioinformatics suitesplice

原始来源

FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills

https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-read-alignment-hisat2-alignment

维护者: FreedomIntelligence
许可: MIT
最近更新: 2026年4月1日

技能摘要

来自 SKILL.md 的关键信息

2 min

核心说明

hisat2-build -p 8 reference.fa hisat2_index。
hisat2_extract_splice_sites.py annotation.gtf > splice_sites.txt hisat2_extract_exons.py annotation.gtf > exons.txt。
hisat2-build -p 8 \ --ss splice_sites.txt \ --exon exons.txt \ reference.fa hisat2_index。

原始文档

SKILL.md 摘录

Paired-end reads

hisat2 -p 8 -x hisat2_index
-1 reads_1.fq.gz -2 reads_2.fq.gz
-S aligned.sam

Single-end reads

hisat2 -p 8 -x hisat2_index
-U reads.fq.gz
-S aligned.sam


## Pipe to samtools

hisat2 -p 8 -x hisat2_index \
    -1 r1.fq.gz -2 r2.fq.gz | \
    samtools sort -@ 4 -o aligned.sorted.bam -

samtools index aligned.sorted.bam

适用场景

Use bio-read-alignment-hisat2-alignment ，用于 genomics 、 bioinformatics workflows。
Apply bio-read-alignment-hisat2-alignment to sequencing，variant，或 omics analysis tasks。