数据与复现生物信息与基因组学FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills数据与复现

bio-read-alignment-star-alignment

维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日

High-speed STAR aligner for RNA-seq with junction detection.

OpenClawNanoClaw分析处理复现实验bio-read-alignment-star-alignment🧠 bioos extended suitebioos extended bioinformatics suitehigh

原始来源

FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills

https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-read-alignment-star-alignment

维护者: FreedomIntelligence
许可: MIT
最近更新: 2026年4月1日

技能摘要

来自 SKILL.md 的关键信息

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核心说明

STAR --runMode genomeGenerate \ --runThreadN 8 \ --genomeDir star_index/ \ --genomeFastaFiles reference.fa \ --sjdbGTFfile annotation.gtf \ --sjdbOverhang 100 # Read length - 1。
STAR --runMode genomeGenerate \ --runThreadN 8 \ --genomeDir star_index_150/ \ --genomeFastaFiles reference.fa \ --sjdbGTFfile annotation.gtf \ --sjdbOverhang 149。

原始文档

SKILL.md 摘录

Paired-end alignment

STAR --runThreadN 8
--genomeDir star_index/
--readFilesIn reads_1.fq.gz reads_2.fq.gz
--readFilesCommand zcat
--outFileNamePrefix sample_
--outSAMtype BAM SortedByCoordinate


## Two-pass mode for better novel junction detection

STAR --runThreadN 8 \
    --genomeDir star_index/ \
    --readFilesIn r1.fq.gz r2.fq.gz \
    --readFilesCommand zcat \
    --outFileNamePrefix sample_ \
    --outSAMtype BAM SortedByCoordinate \
    --twopassMode Basic

Output gene counts (like featureCounts)

STAR --runThreadN 8
--genomeDir star_index/
--readFilesIn r1.fq.gz r2.fq.gz
--readFilesCommand zcat
--outFileNamePrefix sample_
--outSAMtype BAM SortedByCoordinate
--quantMode GeneCounts


Output: `sample_ReadsPerGene.out.tab` with columns:
1. Gene ID
2. Unstranded counts
3. Forward strand counts
4. Reverse strand counts

适用场景

Use bio-read-alignment-star-alignment ，用于 genomics 、 bioinformatics workflows。
Apply bio-read-alignment-star-alignment to sequencing，variant，或 omics analysis tasks。